上海交通大学医学院历史悠久，学科实力雄厚。多年来坚持扎根中国大地，对接国家战略，服务“健康中国”社会需求，聚焦上海建设具有全球影响力的科技创新中心总体要求，以办好中国特色、上海气质、交医风格的世界一流医学院为宗旨，以改革求突破，以发展为己任，以学科建设为龙头，不断激发办学活力。通过实施国家“211工程”、“985工程”，建设“转化医学国家重大科技基础设施”等，保持了强劲的发展势头，学科建设取得了令人瞩目的成就。

上海交大医学院秉承“有所不为、有所为”的理念，按照“扶优、扶需、扶特、扶新”的原则，对学科进行分类指导、分类管理。目前共拥有国家重点学科16个，市重点学科18个，上海市高峰学科3个、高原学科6个，上海高校一流学科9个；国家重点实验室/工程中心3个，教育部重点实验室/工程中心4个，卫生部重点实验室5个，世界卫生组织合作中心1 个。

在历年各大权威的学科排行榜的评选中，上海交大医学院都取得了不俗的成绩，学科整体实力稳居全国医学院校第一方阵。2012年教育部学位中心发布的全国高校一级学科评估结果显示，上海交大医学院的临床医学、口腔医学和基础医学学科分别位列全国第一、第二和第三，护理学学科排名跃升至全国第五位，公共卫生和预防医学学科跃升至全国第十位。2017年公布的ESI (Essential Science Indicators)基本科学指标数据库数据显示，上海交大医学院临床医学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、药理学与毒理学、神经科学与行为科学、免疫学、微生物学等7个学科进入全球研究机构前 1%，其中临床医学学科ESI排名跻身全球研究机构前1‰。在2017年U.S.News排行榜临床医学学科2017年排名中，上海交大医学院位列全球第126名；在2017年QS世界大学排名中，上海交大医学院医学学科位列前51-100名；在2017年ARWU世界大学学术排名中，上海交大医学院位列医学学科前151-200名。

2017年9月21日，国家教育部正式公布了“双一流”建设高校及建设学科名单。上海交通大学医学院四个学科：临床医学、口腔医学、基础医学、药学（与上海交大药学院联合申报）进入“世界一流学科”建设名单，入选“双一流”标志着我院发展进入新的历史时期。

站在新的起点，上海交通大学医学院将凝心聚力，进一步按照国务院《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》的要求，力争在建设期内迈出关键一步，使科技创新能力、师资队伍水平、卓越医学人才培养等水平进一步提升，整体办学实力步入世界一流医学院行列，取得一批具有全球重大影响力的原始性创新成果，在若干国家重大战略需求领域解决一批瓶颈性关键科学问题，同时推动国家医药卫生体制改革的不断深入。